企業簡介
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成立時間：
西元1998年
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經營理念：
漁業是海島型經濟的重要產業。五十年來台灣漁業發展成果斐然，但近年來國內外漁業環境急遽改變，世界各沿海國經濟海域漸形擴張，國際間漁業資源保育要求聲浪日高，加以責任制漁業之實施，公海自由捕魚日益嚴苛，爾後積極參與國際漁業組織，履行責任制漁業，維護公海作業權益日趨重要。在國內則因工商業快速發展，導致漁村勞力外流，漁業從業人口漸趨老化；沿近海域污染日趨嚴重，漁業資源逐漸減少；養殖漁業由於超限使用水土資源，養殖環境日趨惡化。因此，積極強化沿近海漁業秩序及資源培育，促進養殖漁業與環境之和諧將是政府未來重要工作重點。另配合貿易自由化、國際化趨勢，提昇產業競爭力，降低生產成本，亦將是未來產業永續經營之重要課題。
茲為因應國內外漁業環境變遷與未來漁業發展及配合政府再造，有效發揮行政管理輔導效率，行政院農業委員會乃提出行政院農業委員會組織條例修正案，及行政院農業委員會漁業署組織條例制定案，經於87年 5月底經立法院通過，並於 6月24日奉 總統令公布，並報奉 行政院核定於同年 8月 1日正式成立漁業署，主司全國漁業行政事務，俾制定並落實執行宏觀且具前瞻性之漁業政策，期有效發揮行政效率，解決漁業相關問題，維持漁業持續發展。
依「行政院農業委員會漁業署組織條例」規定本署編制員額共計211人，於民國87年8月1日成立時，由行政院農業委員會漁業處升格而成，當時組織之成員計有56人，至民國88年 7月 1日將前省政府農林廳漁業局(141人)歸併納編，並將前省政府農林廳台灣區漁業廣播電台(35人)歸併為附屬機關，目前組織正式員額計有180人(含開發中心23人及駐外漁業人員一人)，約聘12人、漁業訓練船、漁建二號巡護船約僱人員36人。
89年8月1日在高雄市以任務編組方式成立南部辦公室，本署於96年10月29日南遷高雄，為持續加強對漁民服務，故將南部辦公室更名為人民申請案件服務中心繼續對外服務，同時在北部成立台北辦公區繼續對漁民服務。
為配合行政院雙語之推動，原機關英文名稱：Fisheries Administration經行政院2003年4月14日院台教0920018239號文核定為Fisheries Agency。
為因應政府南遷之政策，本署於96年10月29日完成署本部之南遷。
97年6月全國40個漁會及漁業團體連署反應，表達漁業署回北部之期望，以提升行政效能，本署即就業務性質涉跨部會及政策面等業務移至台北辦理。
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經營項目：
依「行政院農業委員會漁業署組織條例」規定置署長１人、副署長２人、主任秘書１人，下設企劃組、漁政組、遠洋漁業組、養殖漁業組等四組，分別掌理下列事項：
（一）漁業政策、法規、方案、計畫之擬訂及督導。
（二）漁業科學、漁業公害防治之研究及規劃。
（三）漁船與船員之管理督導。
（四）漁業巡護之執行、協調及督導。
（五）漁民團體與漁業團體之輔導及督導。
（六）漁業從業人員、漁民團體與漁業團體推廣人員之訓練、策劃及督導。
（七）漁產運銷與加工、漁民福利、漁業金融之督導及配合。
（八）國外漁業基地業務之督導。
（九）國際漁業合作策劃、推動及漁業涉外事務
（十）漁漁資源保育、栽培、管理、調查研究、評估及養殖漁業之策劃、推動、督導與協調。
（十一）漁港與其附屬公共設施之規劃及督導。
（十二）漁獲統計及資訊之綜理分析。
福利制度
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休假制度：
週休二日
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獎金制度：
年終獎金、績效獎金
行政院農業委員會漁業署